Према посљератном концепту одбране СФРЈ, Босни и Херцеговини је додељена улога природне тврђаве у случају стране инвазије.
Регуларна војска требала је да задржи инвазију, док су снаге Територијалне одбране распоређиване у герилске јединице чија је главна база требала бити планинска борба. Овдје су активно грађене све врсте бункера и подземних грађевина за командно особље.
У Босни су постојала бројна складишта са оружјем ускладиштеним за будуће партизане. Огромни дио југословенских војних фабрика такође се налазио у БиХ. Разлог за посљедње била је и жеља руководства СФРЈ да индустријализује аграрну републику.
Када су се црни облаци почели надвијати над земљом, ЈНА је свој задатак видјела у спријечавању развоја политичког сепаратизма у оружану побуну. Због тога је у мају 1990. године у Словенији, Хрватској и Босни тихо изведена операција уклањања складишта оружја из надлежности републичке ТО и пребацивања под контролу војске.
У љето 1991. ЈНА се осрамотила неуспехом операције за сузбијање сецесије Словеније. Тада се ситуација у Хрватској нагло погоршала, гдје је савезна војска до септембра покушавала да одигра мировну улогу, раздвајајући српску и хрватску оружану формацију. Међутим, како су Хрвати, Муслимани и Македонци напуштали ЈНА, савезна војска се не без разлога почела сматрати „просрпском армијом“. Муслимански и хрватски политичари Босне и Херцеговине оптужили су војску за „пристрасност“, за све већу подршку једној страни, тј. Крајишким Србима. Поставило се питање учешћа регрута из Босне у рату у Хрватској.
25. августа, говорећи у граду Фочи, на митингу посвећеном годишњици оснивања СДА, Алија Изетбеговић је рекао да „они (ЈНА, Србија, савезно руководство) покушавају да укључе Босну у рат са Хрватском ... Ово није наш сукоб! " У истом говору Изетбеговић је рекао да муслимански генерали ЈНА треба да командују на територији „своје“ републике, наводећи такође да „Наши дјечаци не смију да умиру за туђе интересе! Не смеју бити под туђом командом“.
Два дана касније, велика група родитеља провалила је у зграду Скупштине БиХ, тражећи да босански регрути служе само на територији републике. Истог дана, министар одбране Босне и Херцеговине Јерко Доко објавио је владину одлуку према којој од сада регрути из Босне не би требали бити регрутовани ван републике, а да се контрола над регрутацијом преноси на надлежност власти БиХ.
Посљедња линија иза које су се коначно погоршали односи између ЈНА и муслиманско-хрватског руководства БиХ био је септембарски покушај мобилизације, најављена од савезне владе, као одговор на нападе на касарне и војне објекте у Хрватској. У рату који се одвијао на територији сусједне републике, босански Срби стали су на страну ЈНА, а Муслимани и Хрвати на страну Загреба.
Да би спроводила операције против хрватских сепаратиста, југословенска војска се морала „ослањати“ на територију Босне. Штавише, у западној Босни, у Бања Луци, било је сједиште 5. корпуса, чије је подручје одговорности обухватало не само дио Босне, већ и дио Хрватске. Исто тако, у Херцеговини, гдје је хрватско становништво активно подржавало своје сународике у Хрватској, ЈНА је због тога почела да гради своје груписање јединицама из Црне Горе за офанзиву на јадранску обалу.
Све је то изазвало протест и забринутост руководства БиХ. Позивало је грађане републике да бојкотују мобилизацију, што је резултирало тиме да су јој се одазвали само Срби, а ни тада не сви. Мобилизација у Босни је осујећена.
Међутим, присуство савезне војске у БиХ у јесен 1991. значајно се повећало због повлачења јединица из Словеније и Хрватске. Ситуација је посебно напета у западној Херцеговини, са њеним радикалним становништвом. Овде су продрли одреди ЗНГ-а (Збор Народне Гарде - прво име хрватске војске) и дошло је до сукоба са одредима ЈНА. Дакле, крајем септембра дошло је до сукоба између херцеговачких Хрвата и јединице ЈНА на подручју Стоца, као и у селу Равно, гдје је војска користила артиљерију, посље тога пропаганда босанских Муслимана почела је увелико да ради.
Забринутост због повећаног присуства савезне војске, муслиманско-хрватско руководство покушало је да ограничи могућност распоређивања јединица ЈНА. 26. септембра закључен је споразум између Министарства унутрашњих послова Босне и руководства војске да војска за распоређивање нових јединица може користити само оне објекте који већ постоје на територији БиХ. Муслимани и Хрвати страховали су да ће ЈНА бити озбиљна препрека независности републике.
Босански Срби су у потпуности подржали акције савезне војске на хрватској територији. Штавише, руководство СДС-а је изјавило да је „само савезна војска заштитник Срба у Босни“. За њих су протестне акције муслимана и Хрвата биле јасан показатељ да се припрема оружана сецесија.
Ипак, прекид мобилизације у Босни тешко је погодио планове југословенске команде да предвиди „стратешку офанзиву“ која је требало да порази хрватске сепаратисте. Чак два корпуса (Тузлански и Сарајевски) нису могла да учествују у операцији, јер нису била ни упола попуњена. Ова ситуација приморала је војску да регрутује локалне српске добровољце, често организоване уз помоћ СДС-а. Дакле, оружје је пало у руке партијске структуре, а често и прилично радикалним елементима.
У то вријеме почео је одлив муслиманских официра из ЈНА, иако су неки од њих учествовали у хрватском рату. Међу овим посљедњима, на пример, будући командант АРБиХ Расим Делић и будући командант 3. корпуса муслиманске војске Енвер Хаџихасановић.
Међутим, из сасвим логичних разлога, Југословенска народна армија је све више постајала војска Срба и Црногораца и њени задаци су се развијали у складу с тим: од заштите јединства Југославије, до заштите Срба у Хрватској и Босни.
Руководство Србије и Југославије било је добро свесно да је независност Босне била готово завршен факт и остало је само неколико мјесеци до коначног проглашења. Босни и Херцеговини се неће наметати сила - након лошег искуства у Словенији и Хрватској. Али жеља другог по величини републичког народа, Срба, да остане дио Југославије или стекне широку аутономију, није могла бити одбачена.
Почетком децембра 1991. године председник Србије Слободан Милошевић састао се са чланом српског председништва СФРЈ Борисавом Јовићем како би разговарао о могућим начинима помоћи босанским Србима уочи проглашења независности Босне. Јовић записује у свом дневнику 4. децембра 1991. године: "Када Босна и Херцеговина буде призната на међународном нивоу, ЈНА ће бити проглашена страном војском на својој територији и биће приморана да напусти што је прије могуће. У овој ситуацији, српско становништво биће беспомоћно ...
Слободан Милошевић сматра да треба опозвати све грађане Србије и Црне Горе који су служили у ЈНА на територији БиХ, и све Босанце из ЈНА ван републике да се преселе у Босну. Тада ће руководство босанских Срба имати прилику да преузме команду над српском јединицом ЈНА у Босни “.
Убрзо након овог разговора, у атмосфери повећане тајности, започиње премештање српских-босанских официра из Србије и Црне Горе. 25. децембра такву тајну наредбу потписује савезни министар одбране Вељко Кадијевић, који је о цијелом плану обавјештен само у општим цртама. Како се сјећа Борисав Јовић: "Само смо Милошевић и ја разговарали о овоме. Нисмо рекли никоме другом. Дали смо упутства Генералштабу да све који су дошли из Босне пребаце у Босну, а оне који су дошли из Србије и Црне Горе у Србију и Црну Гору. .. У време независности у Босни је било 90.000 војника ЈНА, од којих мислим да су 85% били босански Срби “.
Ипак, одржавање међунационалног мира и даље је био службени задатак ЈНА у Босни. У марту 1992. ситуација у републици се погоршала. Све чешће су се чули пуцњи и експлозије. 20. марта, командант ЈНА у Босни, генерал Кукањац, рекао је на конференцији за новинаре ''да се савезна војска у међунационалном сукобу држи неутралности, али јасно је да је српски народ у опасности и да морамо заштитити његове интересе“.
